Από το Μάιο του 2017, ο ΠΑΟΚ μπήκε σε μία διαφορετική κατάσταση, καθώς μετά από 8 χρόνια συνεργασίας με την ομάδα, ήρθε η ώρα της αποχώρησης του Σούλη Μαρκόπουλου. Τη θέση του ρέκορντμαν στην ιστορία του ελληνικού πρωταθλήματος, πήρε ο Ηλίας Παπαθεοδώρου, ένας από τους καλύτερους νέους προπονητές στην Ελλάδα. Παρά το γεγονός ότι το ξεκίνημα αυτής της συνεργασίας συνδυάστηκε με άσχημες και σκληρές ήττες σε όλα τα επίπεδα, η σεζόν 2017-18 ολοκληρώθηκε με τον ΠΑΟΚ να σαρώνει κάθε αντίπαλο που βρήκε μπροστά του και να κατακτά (με μειονέκτημα έδρας) την 3η θέση.
Και η δεύτερη χρονιά της συνεργασίας της ΚΑΕ ΠΑΟΚ με τον Ηλία Παπαθεοδώρου προσέφερε δυνατές συγκινήσεις. Για 5η συνεχόμενη χρονιά ο ΠΑΟΚ προκρίθηκε στην επόμενη φάση της Ευρωπαϊκής διοργάνωσης στην οποία συμμετείχε, ενώ για πρώτη φορά μετά από 20 χρόνια, εξασφάλισε και την συμμετοχή του στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας. Ο ΠΑΟΚ άγγιξε το μεγάλο τρόπαιο, έφτασε πολύ κοντά στη νίκη, αλλά έμεινε με την πίκρα για την τεράστια ανατροπή που έκανε και την καθολική αναγνώριση που υπήρξε για την συγκλονιστική προσπάθεια όλης της ομάδας.
